用来对核酸与蛋白序列进行多序列比对（multiple sequence alignment）的软件。多序列比对在分子生物学中是一个基础方法，用来发明特点序列，进行蛋白分类，证明序列间的同源性，帮助预测新序列二级结构与三级结构，断定PCR引物，以及在分子进化分析方面均有很大帮助，Clustal W很合适这些方面的请求。