所谓系统目录就是指操作系统的主要文件存放的目录，目录中的文件直接影响到系统是否正常工作，了解这些目录的功能，相信对你更好的使用系统会有很大的帮助。以下介绍的目录若不做特殊说明，在Win 98/ME系统下，它们在Windows目录中，在Win 2000系统下，他们在Win NT目录中。

All Users文件夹:

Win 98/ME所有用户文件夹，里面里面包括系统缺省登录时的桌面文件和开始菜单的内容。

Win 2000在Win 2000的系统目录中没有这个文件夹，Win 2000将用户的信息放在根目录下的Documents and Settings文件夹中，每个用户对应一个目录，包括开始菜单、桌面、收藏夹、我的文档等等。

Application Data文件夹:

Win 98/ME应用程序数据文件夹。包括任务栏中的快捷方式，输入法的一些文件等等。根据你系统中使用不同的软件，该目录中的内容也有所不同。

Win 2000在Documents and Settings文件夹中，每个用户都对应一个Application Data文件夹，同样每个用户由于使用的软件不同，目录内容也相同。

Applog文件夹:

Win 98/ME应用程序逻辑文件目录。逻辑文件是用来记录应用软件在运行时，需要调用的文件、使用的地址等信息的文件。要查看这些文件，用记事本打开即可。

Catroot文件夹:

Win 98计算机启动测试信息目录，目录中包括的文件大多是关于计算机启动时检测的硬软件信息。

Win ME该文件夹位于系统目录的system目录中。

Win 2000该文件夹位于系统目录的system32目录中。

Command文件夹:

Win 98/ME DOS命令目录。包括很多DOS下的外部命令，虽说都是些小工具，但真的很好用，特别是对于系统崩溃时。

Win 2000这些DOS命令位于系统目录的system32目录中。

Config文件夹:

Win 98/ME/2000配置文件夹，目录中包括一些MIDI乐器的定义文件。

Cookies文件夹:

Win 98/ME Cookies又叫小甜饼，是你在浏览某些网站时，留在你硬盘上的一些资料，包括用户名、用户资料、网址等等。

Win 2000每个用户都有一个Cookies文件夹，位于Documents and Settings文件夹的每个用户目录中。

Cursors文件夹:

Win 98/ME/2000鼠标动画文件夹。目录中包括鼠标在不同状态下的动画文件。

Desktop文件夹:

Win 98/ME桌面文件夹。包括桌面上的一些图标。

Win 2000这个文件夹在系统目录中也存在，同时在Documents and Settings文件夹的每个用户目录中还有"桌面"文件夹。

Downloaded Program Files文件夹:

Win 98/ME/2000下载文件文件夹。该文件夹包含显示已打开的Web页所需的文件，其中大部分文件是用来运行Web页面上的动画。

Drwatson文件夹:

Win 98/ME/2000华生医生文件夹。本来华生医生可以在系统发生错误时拍下系统快照，但这个目录只有一个超文本文件。

Favorites文件夹:

Win 98/ME收藏夹文件夹。如果需要重新安装系统，请备份这个目录，这样可以保留收藏夹中的内容。

Win200每个用户都有一个Favorites文件夹，位于Documents and Settings文件夹的每个用户目录中。

Fonts文件夹:

Win 98/ME/2000字体文件夹。在这个目录中可以添加删除字体文件，也可以删除一些不必要的文件而减少系统占用硬盘的空间。

Help文件夹:

Win 98/ME/2000帮助文件的文件夹，Windows有个好处就是有详细的帮助文件，这个目录里面就包括很多帮助文件，遇到问题多看看帮助文件，对你会有很大的帮助。

History文件夹:

Win 98/ME历史文件夹。IE浏览器有一个功能可以自己记录用户浏览过的网址，这个目录就是用来存放这些网址的。

Win 2000每个用户的历史文件都是相互独立的。位于Documents and Settings 文件夹的每个用户目录中Local Settings目录里面。